犬莱姆病疫苗接种的一些潜在副作用会引起疾病本身的不适。
由于该疾病对犬的潜在影响，在美国东北部树木繁茂的地区存在携带莱姆病的鹿蜱是狗主人关注的问题。 虽然现在可以获得疫苗，但是副作用是否值得冒险存在一些问题。
无论如何要发展疾病
疫苗中的抗体需要一段时间才能在狗的系统中达到有效水平。 如果狗在发生完全保护水平之前被传染性蜱咬伤，则狗可能会出现莱姆病症状。 康奈尔大学兽医学院的研究人员发现，一些狗通过抗体中有限的暴露来发展莱姆病，从而对疫苗接种作出反应。
关节疼痛
暴露于莱姆病细菌的最早表达症状之一是关节疼痛。 因为疫苗接种本身基本上是次要的但是控制暴露于细菌以努力促使身体在咬伤的情况下建立对更大量暴露的抵抗力，所以一些狗将在其关节中经历轻度至中度疼痛。 虽然他们无法“告诉”我们他们正在受伤，但目视观察他们起床的速度有多慢以及缺乏身体活动的意愿，这为不舒服的程度提供了相当准确的线索。
发展跛足
未经检查的莱姆病导致狗和其他动物跛足。 一些狗在接种莱姆病抗体疫苗后很难移动四肢。 由于尚未知晓的原因，这种接种引起的跛足倾向于更显着地影响前腿。
肾功能衰竭
当兽医对莱姆病细菌的存在作为免疫系统反应而被兽医更具体地称为肾小球疾病，这是由于免疫系统过度刺激而导致肾脏无法有效处理蛋白质。 它不一定是肾完全衰竭。 据Mar Vista兽医诊所网站称，由于肾脏具有正常功能，因此蛋白质损失不当。 在最初的蜱叮咬或暴露于莱姆病细菌之后可能需要数年才能使这种病症的发展通过不明原因的体重减轻而出现症状。 这就是为什么兽医建议狗主人知道他们的犬类伴侣被蜱虫咬伤，经常进行测试以监测尿液中的蛋白质水平。
不同类型的疫苗
根据兽医信息网站，有三种类型的莱姆病疫苗正在使用中。 每种方法与其他方法略有不同。 道奇堡疫苗实际上将死去的莱姆细菌注入狗体内，引发身体积聚抗体。 Merials的疫苗导致狗的免疫系统产生抗体，该抗体攻击用于将莱姆病细菌从其自身转移到犬宿主血液中的蛋白质。 由Intervet-Schering-Plough制药公司开发的第三种疫苗通过产生旨在杀死莱姆病细菌的抗体，进一步防止蛋白质转移。
